Doğru septum seçimi kontaminasyonun engellenmesi, oto-örnekleyici ve iğne gibi cihaz parçalarının zarar görmemesi açısından son derece önemlidir. Oto örnekleyici modeli, septum materyalinin solvent ile kimyasal uyumluluğu ve sıcaklık dayanımı doğru septum seçiminde dikkate alınması gereken başlıca parametrelerdir.